Al parecer hay un pequeño error en la forma en que Notepad++ maneja las transparencias en Windows 7.

Al estar en Notepad++ y llamar al cuadro de Search o Search/Replace, si intentamos cerrar el cuadro este no se cierra completamente sino que queda un cuadro transparente molesto en el fondo.

Gracias a este post logré quitar ese cuadro molesto.

Básicamente hay que deshabilitar la Transparencia en este cuado, quitando el cheque de Transparency en el cuadro de Search/Replace, esquina inferior derecha.