Para quitar el main content del Frontpage en un template de JoomlArt hay que:
editar el archivo default.php que se encuentra en /plugins/system/jat3/base-themes/default/page
colocar
if( !$this->isFrontPage() ) :
antes de que inicie el <div id="ja-contentwrap" > y un
endif;
al finalizar ese mismo </div>